大蝾螈基因组的基因区域包含长内含子和新基因。

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出版年份：

2009

作者：

Jeramiah J Smith、Srikrishna Putta、Wei Zhu、Gerald M Pao、Inder M Verma、Tony Hunter、Susan V Bryant、David M Gardiner、Timothy T Harkins、S Randal Voss

考研 ID：

19144141

资助补助金：

人类胚胎干细胞生物学和新兴技术培训

公开摘要：

背景：基因组大小变异的基础仍然是一个悬而未决的问题，因为缺乏具有大基因组的生物体的 DNA 序列数据。 分离并测序来自墨西哥蝾螈（Ambystoma mexicanum：c 值 = 32 x 10(9) bp）的 10 个 BAC 克隆，以表征基因区域的结构。 结果：BAC 内基因的注释表明，蝾螈内含子平均比直系同源脊椎动物内含子长 2 倍，并且预计它们包含更多功能元件，包括 miRNA 和 snoRNA。 在 BAC 中发现了两个新的 EST 转录本的基因座，它们在脊髓再生和皮肤变态过程中差异表达。 出乎意料的是，在手动注释 BAC 时还发现了第三个新基因。 对人类蝾螈蛋白质编码序列的分析表明，蝾螈基因组中的谱系特异性基因比人类基因组多86%，但蝾螈和人类之间的绝大多数（1%）基因预计是1:5的直系同源物。 考虑到蝾螈基因平均比人类基因大 2.8 倍，蝾螈基因组的基因组成部分估计非常大，大约有 XNUMX GB！ 结论：这项研究表明，大蝾螈基因组具有相应大的基因成分，主要是因为基因具有令人难以置信的长内含子。 这些内含子序列可能含有调节蝾螈特有的生物过程的新编码和非编码序列。

科学摘要：

背景：基因组大小变异的基础仍然是一个悬而未决的问题，因为缺乏具有大基因组的生物体的 DNA 序列数据。 分离并测序来自墨西哥蝾螈（Ambystoma mexicanum：c 值 = 32 x 10(9) bp）的 10 个 BAC 克隆，以表征基因区域的结构。 结果：BAC 内基因的注释表明，蝾螈内含子平均比直系同源脊椎动物内含子长 2 倍，并且预计它们包含更多功能元件，包括 miRNA 和 snoRNA。 在 BAC 中发现了两个新的 EST 转录本的基因座，它们在脊髓再生和皮肤变态过程中差异表达。 出乎意料的是，在手动注释 BAC 时还发现了第三个新基因。 对人类蝾螈蛋白质编码序列的分析表明，蝾螈基因组中的谱系特异性基因比人类基因组多86%，但蝾螈和人类之间的绝大多数（1%）基因预计是1:5的直系同源物。 考虑到蝾螈基因平均比人类基因大 2.8 倍，蝾螈基因组的基因组成部分估计非常大，大约有 XNUMX GB！ 结论：这项研究表明，大蝾螈基因组具有相应大的基因成分，主要是因为基因具有令人难以置信的长内含子。 这些内含子序列可能含有调节蝾螈特有的生物过程的新编码和非编码序列。